Conocer las características presentes de la calidad del agua del río Santiago a lo largo de 262.5 km en el estado de Jalisco además de los afluentes río Zula y arroyo El Ahogado; verificando la eficacia de las acciones aplicadas para solventar las necesidades ambientales existentes en la zona, y visualizar la gestión sobre un plan integral ambiental eficiente, es la razón por la que la Comisión Estatal del Agua de Jalisco ha realizado desde mayo del 2009 monitoreos de la calidad del Agua en el afluente.

Los muestreos tuvieron influencia en diez puntos en el Río Santiago, dos en Arroyo El Ahogado y uno en el Río Zula, y se realizaron los días 23, 24 y 25 de octubre de 2012, tomando en cuenta los indicadores de calidad del agua superficial de la CONAGUA, y la Ley Federal de Derechos, uso 3, para protección de la vida acuática; contemplando parámetros fisicoquímicos (DQO, DBO y SST), microbiológicos (coliformes fecales) y metales pesados.

La Demanda Química de Oxígeno (DQO), empleado para observar la presencia de sustancias provenientes de descargas municipales y no municipales, como parte de los los indicadores de calidad del agua de la CONAGUA, muestra que los puntos de muestreo tienen valores que indican que el agua está contaminada en casi todos los puntos, a excepción de RS2-P. Corona, RS5-Puente Grande, RS9-Camino a El Salvador, y RS10-Paso la Yesca.

Con respecto a la Demanda Bioquímica de Oxígeno (DBO5), parámetro empleado para evaluar la calidad del agua por descargas de agua residual de origen municipal, se encontró una calidad de agua aceptable en casi todos los puntos de muestreo, excepto:  RS7- Paso de Gpe, RS8-San Cristóbal de la Barranca, AA1- Arroyo El Ahogado.

En relación a Sólidos Suspendidos Totales, todos los puntos de muestreo tuvieron valores aceptables, según los Indicadores de Calidad del Agua de la CONAGUA

En Metales Pesados, se tienen resultados que incumplen con LFD en todos los puntos para Aluminio, Bario, y Zinc. Así como en los puntos RS7-Paso de Gpe. y RS8-S. Cristóbal de la Barranca, para Cadmio. También el punto RS2-P Corona, y RS7-Paso de Gpe. para Mercurio.
En Coliformes Fecales, con respecto a los Lineamientos de Calidad del Agua de la Ley Federal de Derechos (LFD) para Uso 3: Protección Vida Acuática, NO se tuvieron valores aceptables o menores de 1 000 NMP/100 ml en la mayoría de los puntos excepto en RS3- Ex hacienda de Juanacatlán, RS9- Camino a el Salvador, y Rio Zula.

Los puntos de muestreo  que presentaron mayor contaminación en este mes fueron: RS7- Paso de Guadalupe y AA1-Arroyo El Ahogado 1- Carr. Chapala, RS-8 San Cristóbal de la Barranca y AA2 El Muey.