La CEA en repetidas ocasiones ha denunciado la contaminación que sufre directamente el Rio Santiago y el Lago de Chapala, en virtud de la falta de funcionamiento de sus plantas de tratamiento de aguas residuales, muestra de lo anterior son los boletines que se adjuntan con fechas anteriores que también pueden ser consultados directamente en la página web de la institución o en las siguientes ligas:

• Con fecha: 30 de octubre de 2009
  http://www.ceajalisco.gob.mx/notas/nota_entrega_cea_poncitlan.html
  
  
• Con fecha: 28 de septiembre de 2009
  http://www.ceajalisco.gob.mx/notas/nota_aclaracion_declaraciones_poncitlan.html
  
  
• Con fecha: 25 de agosto de 2009
  http://www.ceajalisco.gob.mx/notas/nota_descargas_poncitlan.html