Conocer las características presentes de la calidad del agua del río Santiago a lo largo de 262.5 km en el estado de Jalisco además de los afluentes río Zula y arroyo El Ahogado; verificando la eficacia de las acciones aplicadas para solventar las necesidades ambientales existentes en la zona, y visualizar la gestión sobre un plan integral ambiental eficiente, es la razón por la que la Comisión Estatal del Agua de Jalisco ha realizado desde mayo del 2009 monitoreos de la calidad del Agua en el afluente.

Los muestreos tuvieron influencia en diez puntos en el Río Santiago, dos en Arroyo El Ahogado y uno en el Río Zula, y se realizaron los días 24, 25 y 26 de julio de 2012, tomando en cuenta los indicadores de calidad del agua superficial de la CONAGUA, y la Ley Federal de Derechos, uso 3, para protección de la vida acuática; contemplando parámetros fisicoquímicos (DQO, DBO y SST), microbiológicos (coliformes fecales) y metales pesados.

La Demanda Química de Oxígeno (DQO), empleado para observar la presencia de sustancias provenientes de descargas municipales y no municipales, como parte de los los indicadores de calidad del agua de la CONAGUA, muestra que todos los puntos de muestreo tienen valores que indican que el agua está contaminada, a excepción de los puntos de muestreo RS4-El Salto Juanacatlán y Río Zula.

Con respecto a la Demanda Bioquímica de Oxígeno (DBO5), parámetro empleado para evaluar la calidad del agua por descargas de agua residual de origen municipal, se encontró una calidad de agua aceptable, excepto en el RS8-San Cristóbal de la Barranca.

En relación a Sólidos Suspendidos Totales, todos los puntos de muestreo tuvieron valores aceptables, según los Indicadores de Calidad del Agua de la CONAGUA, excepto en el RS7-Paso de Guadalupe y RS8-San Cristóbal de la Barranca. Con respecto a los Lineamientos de Calidad del Agua de la Ley Federal de Derechos (LFD) para Uso 3: Protección Vida Acuática, los únicos puntos de muestreo que tuvieron resultados aceptables o menores de 30 mg/l fueron: RS2-Presa Corona, RS3- Exhacienda Zapotlanejo, RS5-Puente Grande, RS9- Camino al Salvador y RS10-Paso La Yesca.

En Metales Pesados, se tienen resultados que cumplen con LFD en todos los puntos para Arsénico, Cobre, Cromo, Mercurio, Níquel y Plomo. Para el caso de los siguientes metales solo se incumple en lo señalado: Cadmio (en RS10-Paso la Yesca), Fierro (en RS6-Matatlán, RS7-Paso de Guadalupe, RS8-San Cristóbal de la Barranca, AA1- Arroyo del Ahogado, y RZ1-Rio Zula), y en la mayoría de los puntos de muestreo, se encontraron valores por arriba de lo permitido en los Lineamientos de Calidad del Agua de la Ley Federal de Derechos para uso 3 de Protección de Vida Acuática, en Aluminio, Bario y Zinc.

En Coliformes Fecales, con respecto a los Lineamientos de Calidad del Agua de la Ley Federal de Derechos (LFD) para Uso 3: Protección Vida Acuática, solo se tuvieron valores aceptables o menores de 1 000 NMP/100 ml en el punto de muestreo RS10-Paso La Yesca. Los puntos de muestreo que presentaron mayor contaminación en este mes fueron: RS8-San Cristóbal de la Barranca, RS7- Paso de Guadalupe y AA1-Arroyo El Ahogado 1- Carr. Chapala.